El Archivo de la Casa de Zavala reúne la documentación generada por diversos linajes y mayorazgos, principalmente guipuzcoanos, desde mediados del siglo XV hasta la primera mitad del siglo XX, con un total de 13.000 documentos y 14.000 cartas. El fondo más voluminoso y más rico corresponde al linaje Zavala, al cual se fueron agregando, por vía matrimonial, los correspondientes a otras familias, entre las que se incluye también la asturiana de los Fernández de Heredia, Vizcondes del Cerro.

El linaje Zavala, radicado históricamente en Ordizia y Tolosa, surge con Domingo de Zavala (1535-1614), héroe de la batalla de Lepanto y Consejero de Hacienda, fundador del mayorazgo de su apellido (1612). Otros mayorazgos guipuzcoanos serían incorporados posteriormente a la Casa de Zavala. La administración de los bienes, principalmente caseríos y ferrerías, y la documentación económica sobre producción agraria, rentas, etc., supone una buena parte de los fondos, acompañada de noticias sobre los méritos y servicios de los miembros más destacados de estos linajes, como son los casos del propio Domingo de Zavala, el general José Basilio de Aramburu, etc.

En el siglo XIX se amplía considerablemente la información relativa a las actuaciones políticas de la familia Zavala, a partir de la figura de Manuel José de Zavala, Conde de Villafuertes (1772-1842), destacado liberal en las etapas del Trienio y de la primera guerra carlista. Si el linaje Zavala vivió la primera guerra civil (1833-1839) desde el bando liberal, en la segunda (1873-1876) lo haría desde el bando carlista, continuando Ramón de Zavala y Salazar al servicio de la causa integrista durante el período de la Restauración. Las grandes cuestiones del siglo XIX en Guipúzcoa, y por extensión en toda España -liberalismo, carlismo, guerras civiles, Fueros vascos-, ocupan así otra gran parte de los fondos del Archivo.